ภาควิชาปรสิตวิทยาเดิมเป็นหน่วยปาราสิตวิทยา อยู่กับแผนกพยาธิวิทยาของคณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลนครเชียงใหม่ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ในปีพุทธศักราช 2507 รัฐบาลได้จัดตั้งมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ขึ้น คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลนครเชียงใหม่จึงได้โอนไปสังกัดมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เรียกคณะแพทยศาสตร์เชียงใหม่ ซึ่งในขณะนั้นยังมีเพียง 12 แผนกวิชา ต่อมาในปีพ.ศ. 2511 หน่วยปาราสิตวิทยาได้ยกฐานะเป็นภาควิชาปาราสิตวิทยาในคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ตามมติสภาการศึกษาแห่งชาติ โดยมีศาสตราจารย์นายแพทย์ประยุทธ ฐิตะสุต เป็นหัวหน้าภาควิชาคนแรก และต่อมาในปี พ.ศ. 2534 สภามหาวิทยาลัยเชียงใหม่ให้ความเห็นชอบในการเปลี่ยนชื่อภาควิชาปาราสิตวิทยา เป็นภาควิชาปรสิตวิทยา