ภาควิชาจุลชีววิทยา มีห้องปฏิบัติการสำหรับงานวิจัยที่หลากหลาย ทั้งในส่วนที่เกี่ยวข้องกับเชื้อจุลชีพก่อโรคและด้านภูมิคุ้มกัน มีเครื่องมือพร้อมที่จะสามารถรองรับการปฏิบัติงานของนักศึกษาและนักวิจัย ทั้งในส่วนของเครื่องมือในภาควิชาฯและศูนย์เครื่องมือรวมของคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่