ภาควิชาจุลชีววิทยาเน้นการศึกษาและวิจัยเกี่ยวกับจุลชีพก่อโรคในมนุษย์ อันประกอบด้วย เชื้อไวรัส เชื้อแบคทีเรีย และเชื้อรา รวมทั้งภูมิคุ้มกันของร่างกายต่อการติดเชื้อ และโรคซึ่งเกิดจากความผิดปกติของภูมิคุ้มกัน ที่เป็นปัญหาของประเทศไทยตลอดจนภูมิภาคเอเซียตะวันออกเฉียงใต้ หลักสูตรปริญญาโทและเอก ของภาควิชาฯ มีการเรียนการสอนที่เข้มข้น ควบคู่ไปกับการฝึกฝนการทำวิจัยที่ใช้เทคนิควิจัยทางจุลชีววิทยา วิทยาภูมิคุ้มกัน เซลล์วิทยา อณูชีววิทยา ระบาดวิทยา และเทคโนโลยีโอมิกส์ นักศึกษาจะมีโอกาสที่มากขึ้นที่จะเลือกทำงานวิจัยที่เหมาะกับความสนใจและเป้าหมายของตนเอง จากงานวิจัยที่หลากหลายของคณาจารย์ภายในภาควิลาฯ ข้างล่างคือหลักสูตรต่างๆ ที่ภาควิชาจุลชีววิทยาเปิดรับ